Ihre Spezialisten für Proteinanalytik als Dienstleistung mit über zwanzig Jahren praktischer Erfahrung! Wir bieten ein umfassendes Portfolio an Methoden wie hochauflösender Massenspektrometrie, Chromatographie, Elektrophorese und Edman-Sequenzierung. Für einfache Einzelanalysen wie Proteinidentifizierung und N-terminaler Sequenzierung bis zu komplexen Forschungsprojekten in den Biowissenschaften sind wir Ihr Partner.

Für rekombinante Proteine z. B. aus der Biopharmazie oder der Weißen Biotechnologie sind folgende Analysen von besonderem Interesse.

  • Sequenzbestätigung durch LCMS/MS-Analysen verschiedener proteolytischer Verdaue mit Datenbanksuche gegen bekannte Sequenzen
  • Intaktmasse mit LCMS und Charge State Deconvolution zur indirekten Sequenzbestätigung
  • Bestimmung der N- und C-terminalen Aminosäuren (z. B. Pyroglutamat und Lysin-Clipping an monoklonalen Antikörpern)
  • Analyse von posttranslationalen Modifikationen (z. B. Oxidation, Deamidierung)
  • Untersuchung der Disulfidbrücken
  • Glykosylierungsanalytik (N-verknüpfte Glykane und O-Glykosylierungen)

Für die Grundlagenforschung bieten wir zum Beispiel

  • Proteinidentifizierung (z. B. aus SDS-PAGE-Banden)
  • N-terminale Sequenzierung nach Edman (von reinen Proteinen oder geblotteten Banden)
  • vergleichende Proteomik mit LCMS/MS-basierten Verfahren als label-free quantification (LFQ) oder zwei-dimensionale Gelelektrophorese, die wir reproduzierbar durchführen können. 

Bei spezielleren Fragestellungen bieten wir Beratung und angepasste Lösungen für Ihr Projekt. Die dazu verwendeten moderne und erprobte Technologien und Methoden werden bei uns routinemäßig nach hauseigenen Standard Operating Procedures (SOP) eingesetzt und angewandt.

Proteomics-Studien zur differentiellen Analyse von regulierten Proteinen (Biomarker und andere Targets) nutzen wir zwei-dimensionale Gelelektrophorese, mit der bis zu 10.000 Proteinvarianten in einem Gel (40x30 cm) aufgelöst werden können. 

Quantitative Massenspektrometrie In addition we employ quantitative mass spectrometry of proteins and peptides by isotope-dilution analysis (mass western) for biomarker validation and quantification of protein expression, protein drug concentration in plasma and absolute quantification of proteins and their isoforms. In plasma proteomics and CSF proteomics we deplete high abundance proteins by affinity removal before applying 2DE or gel-free proteomics methods.

Proteome Factory is also specialized in providing full services for complete protein sequencing and characterization using a combination of N-terminal and internal Edman protein sequencing, HPLC, MSMS mass spectrometry and de novo peptide sequencing. High resolution mass spectrometry is employed for epitope mapping of antibodies and identification, quantification and characterization of proteins and peptides including determination of phosphorylation and glycosylation sites and optionally their structure. Proteins and peptides are identified with conventional database search engines or by de novo peptide sequencing.

Unser Qualitätsmanagement sichert hohe Qualität und Reproduzierbarkeit unter standardisierten Bedingungen. Hauseigene SOPs (standard operating procedures) werden in allen Projekten und Forschungsvorhaben angewandt. Alle Analysen mit Elektrophorese, Chromatographie, Edman-Sequenzierung und Massenspektrometrie werden in unseren eigenen Laboren in Berlin-Adlershof durchgeführt, um Konsistenz und Vertraulichkeit sicherzustellen. Für ergänzende Analyseverfahren können wir auf unser regionales Netzwerk zurückgreifen.

Unsere Analysen