Proteome Factory verwendet Techniken aus der

  • hochauflösenden Massenspektrometrie,
  • verschiedener chromatographischer Techniken (analytisch oder mikropräparativ),
  • eindimensionaler und zweidimensionaler Gelelektrophorese,
  • Edman-Sequenzierung und.
  • diverse bioinformatische Auswerteverfahren (z. B. Datenbanksuche, de novo Sequenzierung, Charge State Deconvolution, markierungsfreie oder isobare Quantifizierung von MS-Daten)

Standardmäßige Kopplungen dieser Techniken sind bei Anwendungen beschrieben. Für spezielle Fragestellungen können die Verfahren vielfältig kombiniert werden.